收集到关都八个道馆徽章的小智与他的同伴，某日，和海盗风格的训练家战斗完后，忽然收到快龙送来的信，内容说是要邀请他们和“全世界最强的训练家”会面，地点是新岛的神奇宝贝城，他们就毫不迟疑的前往。然而这其实是被人类以复制方式所创造出的神奇宝贝—超梦为了报复，所设下的陷阱。而这时，在亚马逊丛林的深处，梦幻也感受到超梦的存在而苏醒，一场“本尊”和“分身”间的战争即将展开.....

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。当超梦醒来后，因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次感到迷茫。